История музея университета берёт свое начало с первого дня существования учебного заведения (первое название – Императорское московское инженерное училище ведомства путей сообщения (ИМИУ)). С 1896 г. музей был включен в число первых, так называемых учебно-вспомогательных подразделений. К 1914 г. на него, вместе с кабинетом учебных пособий, было затрачено 323 000 рублей. В музее училища было накоплено значительное количество экспонатов, ориентированных прежде всего на специальность инженера-строителя. В нем были собраны конструкции машин, механизмы и устройства, предназначенные для различных путей сообщения, включая водный, а позднее и воздушный транспорт. Перед Великой Отечественной войной на военной кафедре был размещен образец самолета, на котором студенты проходили обучение лётному делу.
Коллекция музея пополнялась путем приобретения или передачи экспонатов частными лицами и учреждениями. Так, имеются архивные сведения о том, что в 1903 г. на заседании совета ИМИУ докладывалось о передаче лицом, пожелавшим остаться неизвестным, «модели укрепления колесных шин по германскому способу». В 1907 г. велась переписка с Южной железной дорогой о необходимости оперативной высылки окаменелого дерева, найденного на седьмом участке службы пути. Большой интерес представлял отдел мостов с обширной коллекцией деревянных экспонатов. В их числе имелась модель моста системы ГАУ по проекту профессора И.П. Прокофьева.
В сведениях, содержащихся в трудах МИИТа за 1927 г., указывается, что из нескольких отделов музея к 1914 г. для всеобщего обозрения и регулярных групповых занятий студентов был открыт отдел железных дорог с подотделом сигнализации, централизации и блокировки, в котором студенты ИМИУ и МИИПС любили сниматься на фоне централизованной стрелки и семафора. В период революционных событий и гражданской войны экспонаты музея «разошлись» по кафедрам, и только 1923 г. музей техники МИИТа возобновил свою работу. Помощник заведующего учебной частью А.В. Постников собрал модели, хранившиеся в различных подразделениях института и систематизировал их. Все отделы музея были открыты для регулярных групповых занятий с преподавателем.
С началом Великой Отечественной войны в 1941 г. институт, музей и его коллекция были эвакуированы в г. Новосибирск и г. Томск, МИИТ возобновил свою работу в родных стенах уже в 1942 году, а вот значительная часть музейной коллекции так не была возвращена в музей.
В 1981 г. по инициативе партийной организации МИИТа был организован Музей боевой и трудовой славы. В течение первых десяти лет музей существовал на общественных началах, а в 1995 г. был преобразован в Музей истории вуза. Экспонаты для музея собирались более 30 лет. На протяжении более чем двух десятилетий под руководством партийной организации МИИТа проводилась большая поисковая работа, велась переписка с архивами, в том числе с Центральным архивом Министерства обороны, архивами железнодорожных войск, КГБ (ФСР), московскими муниципальными архивами.
И уже к столетнему юбилею в 1996 г. в музее было представлено 7 экспозиций, отражающих краткую историю университета и кафедр за период с 1896 по 1996 гг., в том числе участие миитовцев в ВОВ, международные связи, физическое воспитание и спорт и т.д.
К началу ремонта в 1999 г. в Музее истории МИИТа насчитывалось около 15 000 экспонатов. Музеем регулярно организовывались групповые экскурсии студентов-первокурсников, международных делегаций, проходили встречи выпускников, приезжали родственники погибших МИИТовцев. Из экспонатов музея МИИТа, собранных до 1999 г., обращают на себя внимание коллекции знамен, которыми были награждены институт и его студенческие строительные отряды за целину, возведение железных дорог, БАМ, и коллекция орденов, а также стоящие на госучете экспонаты, например, ваза Фаберже, использовавшаяся в довоенный и послевоенный период в качестве наградного кубка за спортивные достижения.
После проведения масштабных ремонтных и реставрационных работ на территории главного корпуса МИИТ в 1999 г. на новых площадях был создан учебно-методический музейный центр истории МИИТа (УММЦ) с гармоничным включением в него при обновленном дизайнерском оформлении всех наиболее ценных экспонатов Музея боевой и трудовой славы и отдельных наиболее интересных экспонатов по истории создания вуза. В основу функционирования УММЦ был заложен принцип интеграции учебного процесса (преподавания истории транспорта) и музейного дела. В центр помимо Музея истории МИИТа с традиционно музейными помещениями и экспозициями, ориентированными на учебный процесс, вошли также музеефицированные помещения – действующие до настоящего дня мемориальные лаборатории им. И.А. Каблукова, Ф.Е. Максименко, Л.Д. Проскурякова двойного подчинения (соответствующей кафедре и музею), а также сектор абонемента научной литературы (фундаментальной библиотеки). Указанные подразделения представляют собой сохраненные исторические комплексы и находятся под охраной университета.